Maclaurin aktywnie przeciwstawiał się powstaniu Jakobitów w 1745 roku i nadzorował działania niezbędne do obrony Edynburga przed armią klanów. Z chwilą wkroczenia powstańców do stolicy Szkocji, zbiegł do Yorku, gdzie otrzymał ochronę tamtejszego arcybiskupa.
W drodze na południe Maclaurin spadł z konia, a zmęczenie, trauma i zimno, na jakie był wówczas narażony, doprowadziły do powstania puchliny wodnej. Powrócił do Edynburga po wymarszu armii jakobickiej na południe, ale wkrótce potem zmarł. Jest pochowany na cmentarzu przykościelnym w Greyfriars Kirk w Edynburgu. Płyta nagrobna znajduje się blisko południowo-zachodniego narożnika kościoła i zawiera prostą inskrypcję "C. M. Nat MDCXCVIII Ob MDCCXLVI". Na zewnętrznej ścianie kościoła znajduje się bardziej rozbudowana tablica pamiątkowa.
Dzieła Jego prace dotyczyły geometrii, analizy matematycznej i mechaniki. Zajmował się zbieżnością szeregów i teorią potencjału, podał wzór na rozwinięcie funkcji w szereg potęgowy.