W 2008, odchodząc z parafii św. Brygidy, sprzedał dwa garnitury. Wszystkie otrzymane pieniądze z ich sprzedaży przeznaczył na cele charytatywne. Dzień po pożegnalnej mszy świętej z okazji jego przejścia na emeryturę wyjechał wczesnym rankiem, zabierając ze sobą jedną teczkę z rzeczami osobistymi. 18 maja tego samego roku uczestniczył w manifestacji wraz ze stoczniowcami z NSZZ „Solidarność” w obronie Stoczni Gdańskiej.
thumb|Nagrobek Henryka Jankowskiego w kościele św. Brygidy Choroba, śmierć i pogrzeb Jankowski cierpiał na wiele schorzeń, w tym na cukrzycę. Z powodu jej zaawansowania kilka miesięcy przed śmiercią amputowano mu wszystkie palce w lewej nodze. Rok przed śmiercią jego stan zdrowia pogorszył się na tyle, że trafił do sopockiego hospicjum Caritasu. Zmarł 12 lipca 2010 o godz. 20.05, na plebanii parafii św. Brygidy, w otoczeniu kapłanów z parafii i przyjaciół. Uroczystości pogrzebowe zmarłego odbyły się 17 lipca 2010 w kościele św. Brygidy w Gdańsku pod przewodnictwem arcybiskupa Sławoja Leszka Głódzia. Wraz z nim mszę pożegnalną koncelebrowało trzech biskupów (Tadeusz Gocłowski, Jan Bernard Szlaga i Ryszard Kasyna).