W nowicjacie zaczął doświadczać przeróżnych pokus, które dotąd były mu nieznane. Wyjawił wszystkie trudności magistrowi i modlił się żarliwiej niż zwykle. Pokusy spowodowały taki skutek, że wewnętrzne zmagania zahartowały młodego nowicjusza. Jego magister powiedział: „Wydaje mi się, że brat Feliks modli się bez przerwy; jest chodzącą modlitwą”.
Praktyki pokutne nie były trudne dla brata Feliksa. Najtrudniejsza okazała się próba, której poddał go Bóg. Przez cały rok miał gorączkę, nic go nie cieszyło, wszystko wydawało się wstrętne. Jednak modlił się i pracował, jak gdyby był zdrowy. Martwił się, czy pomimo słabego zdrowia zostanie dopuszczony do profesji. Przełożeni widząc jego postawę, nie mieli wątpliwości. Podczas wotacji (głosowania) większość wspólnoty opowiedziała się za nim. Prawdopodobnie swoją profesję złożył na górze San Giovanni 18 maja 1545.