W 1924 roku utworzono gminę Letnisko – Falenica, do której z gminy wiejskiej Wawer został przeniesiony Anin, a np. z gminy wiejskiej Zagóźdź m.in. Kaczy Dół (obecnie Międzylesie). W 1939 roku Anin znalazł się ponownie w gminie Wawer, jak również Międzylesie. Ponadto ze zniesionej wtedy gminy Zagóźdź przeniesiono do Wawra gromady Las, Zbytki, Zerzeń, Zastów i Nowy Wawer (pozostałe do Letnisko Falenica), z kolei z Wawra do Bródna gromadę Kozia Górka. Z części gromad należących dotąd do gmin wiejskich Wawer i Okuniew utworzono gminę wiejską Sulejówek, z części Wawra gminę miejską Rembertów.
W 1951 roku gmina Wawer została zniesiona, a prawie cały jej obszar wraz z częścią dotychczasowej gminy Falenica Letnisko zostały przyłączone do miasta stołecznego Warszawy jako dzielnica Wawer z siedzibą w Falenicy. Pominięto jedynie gromady Miłosna Stara (włączoną do gminy Sulejówek) oraz Pohulanka (włączoną do gminy Wiązowna). Z Falenicy Letnisko przyłączono wtedy do Wawra m.in. gromady Radość, Miedzeszyn, Wólka Zerzeńska, Zagóźdź.
W 1960 roku Wawer włączono do dzielnicy Praga-Południe. W 1994 roku Wawer pojawił się na mapie Warszawy ponownie, jako gmina (Warszawa – Wawer), obok. m.in. gminy Centrum z Pragą-Południe.