Po kilku miesiącach niewoli nowy władca Neapolu, Karol III z Durazzo rozkazał zamordować Joannę, co nastąpiło 27 lipca 1382. Joanna I została pochowana w kościele Santa Chiara w Neapolu.
Należy nadmienić, że Karol III z Durazzo, sprawca śmierci Joanny, po jej zgonie musiał walczyć o tron Neapolu z Ludwikiem Andegaweńskim, a gdy w pod koniec 1385 zdobył również koronę Królestwa Węgier, już w lutym 1386 został otruty z polecenia Elżbiety Bośniaczki – żony Ludwika Węgierskiego, swego wieloletniego protektora.
Ocena panowania