W 1970 ZBK Pafawag, uwzględniając uwagi i życzenia podróżnych zebrane m.in. w postaci specjalnej ankiety, wykonało dokumentację zmodyfikowanej wersji oznaczonej typem 101Na. Obły kształt pudła zastąpiono prostym, cały zespół wydłużono o 1000 mm poszerzając każdą parę drzwi wejściowych w składzie o 250 mm, trzyczęściowe okna wymieniono na dwudzielne z opuszczaną górną częścią stosowane w zespołach serii EN57, a półki bagażowe zamontowano niżej.
W 1971 rozpoczęto produkcję seryjną na podstawie dokumentacji zespołu typu 101Na. W II kwartale tego samego roku ukończono jednostkę EN94-02, a w czerwcu pojazd ten zaprezentowano na Międzynarodowych Targach Poznańskich. Następnie skład skierowano do rozszerzonych prób fabrycznych. Po ich zakończeniu zespół miał zostać przekazany do eksploatacji we wrześniu, ale ostatecznie pojazd wszedł do użytku na początku 1972. Od kwietnia do końca 1972 wyprodukowano i dostarczono pozostałą część zamówionej serii, liczącą 38 jednostek, co pozwoliło całkowicie wycofać z eksploatacji wszystkie przedwojenne wagony EN80.
Zespoły serii EN94 były jedynymi pojazdami wyprodukowanymi przez Pafawag przystosowanymi do innego napięcia zasilania niż 3000 V prądu stałego.