Mimo umorzenia postępowania z braku dowodów przez sąd w lipcu 1949, 22 lipca 1949 Müller został ponownie aresztowany i decyzją Komunistycznej Komisji Politycznej wysłany do obozu pracy na dwa lata. Wysłano go do Kladna, gdzie pracował w kopalni.
Niespodziewanie na początku roku 1950 wszyscy Świadkowie Jehowy zostali zwolnieni z obozów pracy i doświadczyli krótkiej przerwy w prześladowaniach.
4 lutego 1952 Müller i 108 innych Świadków Jehowy zostało aresztowanych. Przez 14 miesięcy przetrzymywano go w izolatce i przesłuchiwano, próbując wymóc przyznanie się do działalności szpiegowskiej. W dniach 27-28 marca 1953 przeprowadzono proces przy drzwiach zamkniętych w sądzie na Pankrácu, w którym Müller został skazany na osiemnaście lat więzienia, konfiskatę mienia i pozbawienie praw obywatelskich; inni otrzymali mniejsze wyroki.
W maju 1960 roku został zwolniony w ramach zakrojonej na szeroką skalę amnestii dla więźniów politycznych. 1 lutego 1976 roku, gdy utworzono pięcioosobowy Komitet Kraju, mający sprawować nadzór nad działalnością Świadków Jehowy w Czechosłowacji, Müller wszedł w jego skład jako koordynator Komitetu.