Dwa lata po śmierci wydano jego dzieła zebrane, z przedmową Sigmunda Exnera. W 1898 roku w auli Uniwersytetu Wiedeńskiego odsłonięto płaskorzeźbę Fleischla autorstwa Ernsta Fuchsa, dar brata Ottona von FleischlaScholars in stone and bronze : the monuments in the arcaded courtyard of the University of Vienna. Wien: Böhlau, 2008 s. 72.
W 1997 roku ukazała się biografia uczonegoHans-Peter Medwed: Ernst Fleischl von Marxow (1846-1891). Leben und Werk. MVK 1997, .
Dorobek naukowy Głównym obszarem zainteresowań Fleischla była neurofizjologia. Dokonał przełomowego odkrycia, że bodźce pobudzające narządy zmysłów powodują zmiany rozkładu potencjałów rejestrowanych z powierzchni głowy badanego pacjentaFleischl v. Marxow E. Mittheilung, betreffend die Physiologie der Hirnrinde. Centralbl Physiol 4, ss. 537–540, 1890. Z nieznanych powodów nie opublikował swoich wyników, zamiast tego zamykając je w sejfie bankowym z instrukcją upublicznienia ich w 1883 roku. W tym samym czasie niezależnie do odkryć mających stanowić podstawę elektroencefalografii dokonali Richard Caton i Adolf Beck.
W 1886 roku opatentował hemoglobinometrHaemoglobinometer. Patent number: 353098 (1886).