Po naprawach w Pearl Harbor, „New Mexico” dotarł do Ulithi by wziąć udział w przygotowaniach do lądowania na Okinawie. 21 marca odpłynął z miejsca przygotowań wraz z grupą ciężkiego wsparcia artyleryjskiego. Jego działa rozpoczęły ogień w kierunku japońskiej wyspy 26 marca i nie milkły do 17 kwietnia, udzielając wsparcia artyleryjskiego żołnierzom na brzegu. Ponownie 21 i 29 kwietnia otwierał ogień, a 11 maja zniszczył osiem łodzi samobójczych.
Gdy pancernik zbliżał się do swojego miejsca na kotwicowisku Hagushi 12 maja zaraz po zachodzie słońca, został zaatakowany przez dwie łodzie samobójcze. Jedna rozbiła się o kadłub okrętu, druga starała się trafić go swoją bombą. Na amerykańskim okręcie wybuchł pożar i 54 członków załogi zostało zabitych, a 119 rannych. Szybka akcja ratunkowa pozwoliła na ugaszenie ognia po pół godzinie i 28 maja okręt udał się w celu remontu na wyspę Leyte, aby być gotowym na planowaną inwazję na japońskie wyspy macierzyste. Koniec wojny zastał okręt liniowy na Saipanie 15 sierpnia, a następnego dnia okręt udał się na Okinawę, by dołączyć do sił okupacyjnych.