thumb|Portret młodego Fryderyka Wilhelma pędzla Matthiasa Czwiczek Zaraz po objęciu tronu wznowił działalność Tajnej Rady, organu podupadłego i ograniczonego w swych prerogatywach za rządów Jerzego Wilhelma. Jej reorganizacja instrukcją z 4 grudnia 1651 roku opracowanej przez hrabiego von Waldecka, ustanowiła ją najwyższym, centralnym organem administracyjnym dla całego państwa, a nie, jak było dotąd, tylko dla Brandenburgii. Krok ten oraz brak urzędnika sprawującego funkcję pierwszego ministra doprowadził faktycznie do wprowadzenia przez Wielkiego Elektora rządów gabinetowych w swoim państwie.
Krokiem ku wzmocnieniu władzy absolutnej było ustanowienie w czasie trwających wojen urzędów, tzw. komisariatów wojennych, których kompetencje dotyczyły zaopatrywania wojska oraz ściągania podatków. Nie stały się one wbrew nazwie organami tymczasowymi, lecz przekształciły się w stałe urzędy lokalnej administracji, będące podporą aparatu biurokratycznego Fryderyka Wilhelma. Z czasem przejęły one rolę stanów w sprawach nakładania i ściągania podatków w ogóle.