Łącznie wyprodukowano 255 samolotów Aichi E16A1 oraz 3 prototypy.
W 1944 zbudowano także jeden prototyp oznaczony jako Aichi E16A2T, w którym zastosowano silnik Mitsubishi Kinsei 62 o mocy 1560 KM. W momencie kapitulacji Japonii we wrześniu 1945 samolot ten znajdował się jeszcze w fazie prób.
Użycie w lotnictwie Wodnosamolot E16A1 wprowadzone zostały do użytku w 1944 roku, a po raz pierwszy w akcji bojowej użyto ich w rejonie Filipin. Następnie samoloty te używane zarówno do zwiadu jak i do bombardowania z lotu nurkowego.
W końcowym okresie wojny wszystkie niezniszczone wcześniej samoloty Aichi E16A1 Zuiun zostały użyte jako samoloty pilotów samobójców.
Opis konstrukcji Wodnosamolot Aichi E16A Zuiun był dolnopłatem o konstrukcji w zasadzie metalowej. Jedynie odejmowana skrajna część płata i usterzenie poziome były konstrukcji drewnianej. Podwozie stanowiły dwa metalowe pływaki jednoredanowe. Na krawędzi spływu przednich wsporników pływaków zamontowano otwierane hydraulicznie hamulce aerodynamiczne, co było oryginalnym rozwiązaniem, zastosowanym tylko w tym samolocie.
Napęd samolotu stanowił silnik gwiazdowy, chłodzony powietrzem, napędzający trzyłopatowe śmigło.