Przez siodło przełęczy, w głębokim na kilkanaście metrów wykopie, przebiega wybudowana w 1899 r. linia kolejowa nr 99 (Chabówka – Zakopane). Z tego względu czasami podawana jest jeszcze dawna, „naturalna” wysokość przełęczy: 719 m n.p.m. Na samej przełęczy znajduje się na tej linii przystanek kolejowy Pyzówka. Pierwotnie planowano w tym miejscu budowę tunelu, planów tych jednak zaniechano i poprzestano na wykopie. Główna zmiana pierwotnego projektu polegała na usunięciu 155 metrowego tunelu przy dziale wód (km 15) i zastąpieniu go przez przekop kilkunastu metrów głębokości, przy podniesieniu niwelety o 4 do 5 metrów. Przekop ten wykonany w ciągle usuwającem się rumowisku, dał jednakże w następstwie wiele kłopotu przedsiębiorstwu, tak, że oszczędność uzyskana przez zniesienie tunelu, stała się co najmniej wątpliwą.
Droga z doliny Raby do Nowego Targu nie wykorzystywała nigdy Przełęczy Sieniawskiej, wiodąc (także obecnie) przez płaską wierzchowinę Obidowej i Klikuszową.