Dowiedziawszy się o tym, że jej syn został ponownie ranny, już po kapitulacji Warszawy odszukała szpital, w którym przebywał i później w miarę swoich możliwości pielęgnowała go. Po miesiącu kuracji Pertkiewicz nie chcąc trafić do niemieckiej niewoli, uciekł ze szpitala i pojechał do Kalisza, gdzie brał udział w konspiracyjnej odbudowie pułku Strzelców Kaniowskich.
Wysiedlony z Kalisza trafił wraz z rodziną do Tarnowa, gdzie 12 lutego 1940 przystąpił do miejscowej komórki Związku Walki Zbrojnej i przyjął pseudonim „Drzazga”.
W aptece im. T. Kościuszki, którą objął w Tarnowie jego ojciec (również w konspiracji, ps. „Zbudowski”), Jerzy Pertkiewicz pracował jako laborant; miejsce to stanowiło konspiracyjny punkt kontaktowy i miejsce kolportażu prasy podziemnej. Ojciec i syn gromadzili też w swojej aptece, a następnie przekazywali do innych konspiracyjnych punktów, środki medyczne i opatrunki niezbędne w związku ze zbliżającą się akcją pod kryptonimem „Burza”. Po jej rozpoczęciu Pertkiewicz trafił do 16 pułku piechoty Armii Krajowej, gdzie był dowódcą plutonu 3. kompanii strzeleckiej „Regina” w batalionie „Barbara”.