5 października 2007 roku Minister Obrony Narodowej Aleksander Szczygło awansował go pośmiertnie do stopnia majoraDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 roku w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 roku w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
18 kwietnia 2009, w ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, w tzw. Alei Katyńskiej na Cmentarzu Centralnym w Sanoku zostało zasadzonych 21 Dębów PamięciKrystyna Chowaniec, Patron sanockiego harcerstwa – ksiądz harcmistrz Zdzisław Peszkowski, Rocznik Sanocki Tom X – Rok 2011, Sanok 2011, s. 17., w tym upamiętniający Franciszka Szafrana (zasadzenia dokonał Andrzej Brygidyn, autor publikacji pt. „Sanocka Lista Katyńska").
13 kwietnia 2011 w ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia” w szkole podstawowej w Bratkówce odsłonięto tablicę pamiątkową i nieopodal posadzono Dąb Pamięci honorujący Franciszka Szafrana (w uroczystości uczestniczyli m.in.