Na sejmie piotrkowskim 16 października 1548 wygłosił mowę, uważaną współcześnie za wzór krasomówstwa, podczas której izba poselska padła przed królem na kolana błagając by zaniechał ślubu z Barbarą Radziwiłłówną („...prosimy cię Panie, zaniechaj tego, coś wziął przedsię, nie nazywaj tego małżeństwem, co małżeństwem nie jest; niechaj się zdobi czym inszym ta zacna i cnotliwa pani, którą Wasza Królewska Mość chcesz mieć za żonę, niż niesławą, ohydą, zelżeniem i skazą na koniec Waszej Królewskiej Mości i wszytkiego domu Jagiełłowego”). W czasie dysput sejmowych bronił praw protestantów.
Od roku 1551 do śmierci Boratyński pełnił urząd burgrabiego krakowskiego, w latach 1555–1556 był kasztelanem przemyskim, a od roku 1556 bełskim. Od 1555 był także starostą Sambora. Dowodem zaufania króla do Boratyńskiego było powierzenie mu w 1553 roku misji mającej na celu zawarcie traktatu pokojowego z Mołdawią, a także eskorty królowej Bony w jej podróży do Włoch. Żonaty z Barbarą Dzieduszycką, pozostawił jednego syna. Pochowany w katedrze wawelskiej.