Wiele lat trwały starania urzędu konserwatorskiego o pozyskanie środków finansowych na ich konserwację, aż wreszcie w roku 1998 zadanie to znalazło się w rządowym programie „Ochrona wnętrz historycznych”. Wstępny program prac konserwatorskich przewidywał realizację tego projektu w okresie dwóch lat. Szczegółowe rozpoznanie problematyki konserwatorskiej, przede wszystkim rozpoznanie złego stanu murów ceglanych – podłoża polichromii, konieczność ich stopniowego osychania, a także ujawnienie problemu odprowadzania wód opadowych od obiektu i konstrukcyjnych spękań ścian kościoła, wymusiły ustalenie innego, bardziej złożonego i poszerzonego o powyższe zagadnienia, programu konserwatorskiego. Opracowania tegoż podjął się dr Sławomir Skibiński. Prace konserwatorskie przeprowadzono w latach 1998–2001. Całkowity koszt prac, finansowanych głównie z budżetu państwowych służb konserwatorskich, wyniósł 166 tys. złotych„Gotyckie polichromie znów piękne” – www.sierpc.pl..