Puchar Świata w biathlonie 2008/2009 to 32. edycja Pucharu Świata w historii tej dyscypliny sportowej. Cykl rozpoczął bieg indywidualny mężczyzn w szwedzkim Östersund 3 grudnia 2008, zaś zakończył bieg masowy w Chanty-Mansyjsku w Rosji 29 marca. Najważniejszą imprezą sezonu były Mistrzostwa Świata w Biathlonie 2009, które po raz pierwszy zostały rozegrane na kontynencie azjatyckim, a dokładniej w południowokoreańskim mieście Pjongczang. Ostateczny kalendarz został zatwierdzony 19 czerwca 2008 w Salzburgu w Austrii.
Kryształowej kuli, zdobytej w poprzednim sezonie, bronił Norweg Ole Einar Bjørndalen, wśród panów, oraz Niemka Magdalena Neuner.
Klasyfikacje generalną mężczyzn, po raz szósty w karierze i po raz drugi z rzędu, wygrał reprezentant Norwegii Ole Einar Bjørndalen. Najbardziej utytułowany biathlonista wszech czasów zgromadził 1080 punktów i o 210 wyprzedził Polaka Tomasza Sikorę oraz o 236 swojego rodaka Emila Hegle Svendsena. Bjørndalen wygrał także klasyfikacje sprintu i biegu pościgowego, oraz wspólnie z kolegami zwyciężył w Pucharze Narodów. W klasyfikacji biegu masowego najlepszy okazał się młody Austriak Dominik Landertinger, zaś w biegu indywidualnym wygrał Niemiec Michael Greis.