lub 1250 r., do dzieł wcześniejszych Rogera można zaliczyć Summulae dialectices, Summa grammatica i Summa de sophismatibus et distincionibus, ich datacja wpływa na poglądy w dacie powrotu do Oksfordu i odwrotnie. W kilka lat po przybyciu do Oksfordu (ok. 1252-1257) został franciszkaninem, może w nadziei uzyskania wsparcia dla swych badań, a może ze względu na innych uczonych tego czasu, którzy wybierali taką drogę. Około 1257 r. został przeniesiony do Paryża, prawdopodobnie z powodu konfliktu ze zwierzchnikami, spędził tam kolejnych 10 lat. W 1260 r. generałem zakonu został św. Bonawentura, który zabronił członkom zakonu przedkładania spraw i pism papieżowi bez pozwolenia generała lub prowincjałów. Bacon mimo to poszukiwał poparcia u legata Guy le Gros de Foulque, również po wyborze tegoż na papieża Klemensa IV. Na jego prośbę przysłał napisane specjalnie w tym celu dzieło Opus maius, a następnie w ciągu roku Opus minus i Opus tertium. Prawdopodobnie po napisaniu tych prac powrócił do Oksfordu, tam skończył Communia naturalium. Został potępiony pod koniec lat siedemdziesiątych XIII w., prawdopodobnie skazany na areszt domowy w Paryżu i uwolniony w 1290 r. przez nowego generała zakonu Rajmunda z Gaufredi. W 1292 r.