Nie zmniejszyło to jednak zaległości w wymiarze sprawiedliwości, a nawet powiększyło zamieszanie co do nieokreślonej nigdy właściwości poszczególnych sądów szlacheckich. Konieczne w takiej sytuacji prace nad reformą sądownictwa przebiegały w okresie ruchu egzekucyjnego i walki szlachty o zwiększenie udziału we władzy.
W efekcie szlachta uzyskała wyłączny wpływ na sądownictwo ziemskie kosztem uprawnień króla. W 1563 roku utworzono jednorazowe sądy ostatniej instancji, tzw. sądy nowe (łac. iudicia nova), w województwach przekazując im wszystkie zaległe sprawy z sądów królewskich. Podobnie uczyniono w czasie pierwszego i drugiego bezkrólewia. Ostatecznie w 1578 roku Stefan Batory zrzekł się uprawnień najwyższego sędziego na rzecz utworzonego wówczas Trybunału Koronnego.
Skład
Sądzili w nim reprezentanci szlachty i duchowieństwa. Deputatów świeckich było dwudziestu siedmiu i byli oni wybierani corocznie na sejmikach deputackich po jednym lub dwóch z województwa, w zależności od jego wielkości. Sześciu deputatów duchownych wybierały kapituły. Uczestniczyli oni w rozstrzyganiu spraw, gdy jedną ze stron był duchowny (stanowili wówczas połowę składu orzekającego). Na czele trybunału stał obieralny marszałek.