Struktura Władzą wykonawczą stowarzyszenia jest Zarząd Główny, a władzą uchwałodawczą - Rada Krajowa, złożona z osób wybranych przez Kongres, Zarządu Głównego i przewodniczących Regionów. Dodatkowo na szczeblu centralnym działają Krajowa Komisja Rewizyjna oraz Krajowy Sąd Koleżeński. Najwyższą władzą stowarzyszenia jest odbywający się co dwa lata Kongres stowarzyszenia - wybiera on władze stowarzyszenia oraz może modyfikować statut.
Stowarzyszenie podzielone jest na 16 regionów odpowiadających województwom. W dalszej kolejności regiony dzielą się na koła lokalne, będące podstawową jednostką organizacyjną.
Program 1 maja 2021 roku wiceprzewodniczący FMS Jakub Pietrzak stojący na czele zespołu programowego ogłosił nowy program organizacji pod nazwą "Czas na zmiany #BazaFMS". Obejmuje on zagadnienia z 11 obszarów: Zdrowie, Edukacja, Świeckość, Bezpieczeństwo, Środowisko, Gospodarka, Wolność, Kultura, Polityka społeczna, Infrastruktura i Rolnictwo.