W 1927 roku baptyści znaleźli się na liście sekt aktywnych w Toruniu.
W 1924 roku gmina baptystów skonfliktowała się z przewodniczącym toruńskiej parafii Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego ks. A. Haydukiem. Przewodniczący zboru baptystów Adam Sylla napisał do magistratu Toruniu skargę na Hayduka, który według Sylli miał bez jego zgody organizować nabożeństwa w kaplicy. Konflikt zażegnano w lipcu 1931 roku, po podpisaniu porozumienia i wynajęciu kaplicy wiernym Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego.
Dokładne informacje o działalności baptystów toruńskich w latach 30. XX wieku nie są znane. W tym okresie zbór nie wykazywał dużej aktywności. W 1935 roku struktury gminy nie zostały zmienione, a siedziba zarządu nadal mieściła się w Chełmży. Liczba wyznawców w powiecie toruńskim wynosiła ok. 200 osób. Według danych statycznych, w latach 1937 i 1939 w Toruniu mieszkało ok. 40 baptystów niemieckich. Liczba baptystów polskich w tych latach jest nieznana.
W latach 1920–1939 baptyści toruńscy nie prowadzili akcji misyjnej.