Filippo Maria nagrodził go za te wyczyny tytułami i honorami oraz dając mu za żonę Antonię Visconti pochodzącą z głównej linii dynastii. Fakt ten prawdopodobnie wzbudził w Bussone nadzieję na to, że będzie następcą księcia, co spowodowało, iż kondotier zaczął się zachowywać w sposób arogancki i bezczelny, co było nie do zaakceptowania dla władcy. Dlatego więc Filippo Maria odebrał mu dowództwo armii i ustanowił gubernatorem niedawno odzyskanej i ciągle mało stabilnej Genui. Ta marginalizacja spowodowała, że Carmagnola porzucił służbę u Viscontiego i przeszedł na stronę Wenecji, która była już zdecydowana zerwać sojusz z Mediolanem i popierać Florencję, zagrożoną ze strony Viscontiego. Został mianowany Capitano Generale, czyli głównodowodzącym sojuszu, który zawarła Wenecja z Florencją i osiadł w Treviso. Do tego miasta zostali wygnani Walentyna Visconti, córka Bernabò Viscontiego i jej mąż Giovanni Aliprandi. W rzeczywistości wysłał ich Filippo Maria Visconti, aby uknuli spisek i otruli Francesco Bussone. Ten, gdy się dowiedział o intrydze, rozkazał aresztować i następnie ściąć Aliprandiego (1426).