Od 1965 był kierownikiem Zakładu Historii Śląska Instytutu Historii PAN we Wrocławiu, a od 1972 koordynował całokształt badań śląskoznawczych w polskich wyższych uczelniach. Od 1973 był profesorem nadzwyczajnym, od 1975 wicedyrektorem Instytutu Historii Uniwersytetu Wrocławskiego. W 1977 objął funkcję kierownika Zakładu Metodologii i Dydaktyki Historii Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, gdzie niebawem został dyrektorem Instytutu Historii. W 1985, kilka miesięcy przed śmiercią, otrzymał z nadania Rady Państwa tytuł profesora zwyczajnego.

W 1984 opublikował monografię Przemysł i robotnicy na Śląsku do 1914 r., w której potraktował Śląsk jako całość przy zarysie dziejów przemysłu i robotników, co było w polskiej historiografii tego regionu ujęciem nowatorskim. Z innych prac Michalkiewicza wymienić można Gospodarkę magnacką na Śląsku w drugiej połowie XVIII wieku na przykładzie majątku Książ (1969);