6 czerwca 2000 w trzeciej turze głosowania Ferenc Mádl został wybrany przez Zgromadzenie Narodowe na prezydenta Węgier. Był kandydatem centroprawicowych partii rządzących – Fideszu, Węgierskiego Forum Demokratycznego i Niezależnej Partii Drobnych Rolników. Urząd objął 4 sierpnia 2000, a jego pięcioletnia kadencja zakończyła się 5 sierpnia 2005. Oficjalnie oświadczył wcześniej, że nie będzie ubiegał się o dopuszczalny ponowny wybór. Kontynuował działalność naukową, był również honorowym współprzewodniczącym projektu World Justice Project.
Był żonaty z Dalmą Mádl (1932–2021), miał syna.
Wybrane publikacje A deliktuális felelősség a társadalom és a jog fejlődésének történetében (1964) Az Európai Gazdasági Közösség joga (1974) Összehasonlító nemzetközi magánjog (1978) The Law of Transactions (1982) Magyar nemzetközi magánjog és a nemzetközi gazdasági kapcsolatok joga (wspólnie z Lajosem Vékásem, 1985–2004, 8 wydań) A külgazdaság és a nemzetközi beruházások joga (1988) State and Economy in Transformation (1997) EU Integration Process – Enlargement and Institutional Reforms (1997) Az európai örökség útjain (1995) Állam és gazdaság – Forradalom a jog útján a közép- és kelet-európai országokban (1997) Quo vadis, Európa?