Jako przewodniczący parlamentu, objął stanowisko prezydenta Wybrzeża Kości Słoniowej po śmierci Félixa Houphouët-Boigny w grudniu 1993. 7 grudnia 1993, kilka godzin po śmierci poprzednika, ogłosił w przemówieniu telewizyjnym, przejęcie władzy w państwie. 9 grudnia 1993 ze stanowiska premiera zrezygnował Alassane Ouattara, który wystąpił przeciw władzy Bédiégo. W kwietniu 1994 został wybrany przewodniczącym Partii Demokratycznej Wybrzeża Kości Słoniowej (PDCI, Parti Démocratique de la Côte d'Ivoire).
Prezydent Bédié w październiku 1995 zorganizował wybory prezydenckie, w których uzyskał 96% głosów poparcia. Wskutek zmiany prawa wyborczego, w wyborach nie mógł wziąć udziału były premier Ouattara. Dwie główne partie polityczne, Zgromadzenie Republikanów (RDR, Rassemblement des Républicains) premiera Ouattary oraz Iworyjski Front Powszechny (FPI, Front populaire ivoirien), zbojkotowały z tego powodu głosowanie.