Biskupstwo warmińskie obdarzone zostało fotelem senatorskim. w 1497 r. miasto strawił straszliwy pożar. W latach 1505–1510 na zamku przebywał Mikołaj Kopernik, sprawując opiekę lekarską nad swoim wujem Łukaszem Wetzenrode – będącym tu biskupem. Zmienił on sylwetkę zamku, fundując na trzech narożach nadwieszone na konsolach, dekorowane, późnogotyckie wieżyczki przykryte dachem namiotowym. W latach 1519–1521 trzykrotnie nieskutecznie oblegał miasto. Największe natarcia miały miejsce w roku 1520, kiedy wielki mistrz Albrecht Hohenzollern, 15-tysięczną armią dwa razy zagrażał miastu. Pierwszy raz armia 15 sierpnia znienacka próbowała zająć miasto. Za drugim razem podczas 6-tygodniowego oblężenia, po wyrzuceniu na miasto dwudziestu kilku tysięcy palnych kul i bomb, musiał się wycofać, nie ośmielając się nawet na przypuszczenie szturmu generalnego. Miasta broniono pod komendą krajowego wójta warmińskiego Jerzego Preucka. Zapewne liczne najazdy doprowadziły do wyniszczenia miasta i pożarów w 1520 i 1522 r. W 1534 mieszczaństwo domagało się praw w 119 artykułach. W 1558 kardynał Stanisław Hozjusz udał się do Rzymu na sobór Trydencki, gdzie był legatem papieskim. W 1559 r. na zamku wybuchł pożar, spłonął dach i wieża. Według dokumentów w 1572 r. Lidzbark liczy 152 domy i 98 rzemieślników. W 1584 r.