S2000 Mugen Honda S2000 doczekała się kilku przeróbek przez firmę Mugen Motorsports. Jedna z przeróbek nie zmieniła nic w nadwoziu auta poza pakietem stylistycznym, który obejmował dach, maskę oraz spoiler wykonane z karbonu, zderzaki oraz zawieszenie, a także sportowy układ wydechowy ze sportowym kolektorem wydechowym i karbonowym dolotem a we wnętrzu zmieniono m.in. fotele. Druga przeróbka mająca miejsce na początku 2007 roku pozbawiła sportową Hondę dachu. Prototyp auta przedstawiono pod nazwą Honda Open Top Pure Concept Sport. W aucie zmieniono stylistykę, a także zaingerowano w silnik, układ wydechowy, zawieszenie oraz hamulce. Auto pozbawiono przednich słupków oraz szyby.
S2000 Modulo Climax mały|225px|Honda S2000 z filmu Za szybcy za Wściekli mały|225px|Honda S2000 Cup
Pod koniec 2012 roku podczas salonu samochodowego w Tokio zaprezentowano zmodyfikowaną stylistycznie odmianę Hondy S2000, która nigdy nie będzie produkowana. Samochód zaprojektowano jako wizytówkę nowoczesnej stylizacji i wysokiej klasy wnętrza.