Zakaz i okres II wojny światowej W styczniu 1935 roku pod wpływem nazistowskich Niemiec oraz duchowieństwa nakazano konfiskatę broszury „Sprawiedliwy władca”. W tym samym roku minister spraw wewnętrznych Estonii zamknął oddział Towarzystwa Strażnica w Estonii, skonfiskował literaturę i zajął nieruchomość. W drugiej połowie lat 30. konfiskaty literatury religijnej zdarzały się często, co jednak nie powstrzymało działalności kaznodziejskiej.
W 1940 roku 27 głosicieli i 15 pionierów rozpowszechniło prawie 60 tysięcy publikacji. W tym też roku zorganizowano w Tallinnie zgromadzenie. Po dojściu do władzy w Estonii komunistów zagraniczni głosiciele ze względu na swoje bezpieczeństwo musieli opuścić kraj. Władze ponownie zamknęły Biuro Oddziału. Wallace Baxter został skierowany do Biura Oddziału w Australii. Działalność ewangelizacyjna niemal zamarła na blisko 20 lat. Nadzór nad konspiracyjną działalnością w północnej Estonii powierzono Martinowi Kose, a w południowej Friedrichowi Altpere. Obaj zajmowali się tym od roku 1940 do końca roku 1948 gdy zostali aresztowani.
W 1942 roku za działalność kaznodziejską został aresztowany Jaan Pärrat. Oskarżono go o prowadzenie działalności wywrotowej i rozstrzelano.