Josef Pekař (ur. 12 kwietnia 1870 w , zm. 23 stycznia 1937 w Pradze) – czeski historyk, czołowy przedstawiciel historycznej szkoły Jaroslava Golla.

Życiorys Urodził się w rodzinie chłopskiej, wraz z rodziną przeprowadził się do . Po maturze, którą zdał w gimnazjum w Mladej Boleslawi w 1888 roku, studiował historię i geografię na Wydział Filozoficzny Uniwersytetu Karola, gdzie był uczniem J. Golla i A. Rezeka.

W latach 1892–1893 był nadzwyczajnym słuchaczem Wydziału Prawaa Uniwersytetu Karola i członkiem komitetu redakcyjnego encyklopedii Ottův slovník naučný. Rok później przebywał w celach naukowych na uniwersytetach w Erlangen i Berlinie. W latach 1895–1896 był nauczycielem gimnazjów w Mladej Boleslawi i w Pradze. W latach 1896–1897 był prefektem w Akademii Straki.

W 1897 roku uzyskał habilitację. W latach 1897–1901 był docentem, 1902–1905 profesorem nadzwyczajnym, a od 1905 profesorem zwyczajnym dziejów Austrii (od 1919 Czechosłowacji) na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola. W latach 1909–1910 był dziekanem, a w latach 1910–1911 wicedziekanem Wydziału Filozoficznego UK. W latach 1931–1932 był rektorem, a w latach 1932–1933 wicerektorem Uniwersytetu Karola.