Jan II Zygmunt Zápolya (ur. 7 lipca 1540 w Budzie, zm. 14 marca 1571 w Gyulafehérvár, obecnie Alba Iulia) – pierwszy książę Siedmiogrodu, antykról Węgier w latach 1559–1571.
Syn króla węgierskiego, Jana Zápolyi oraz Izabeli Jagiellonki, córki króla Polski Zygmunta I Starego. Już w 1540 roku, na zgromadzeniu narodowym w Rákos, wybrano go następcą tronu jako Jana II, ale nie koronowano. Jego władza obejmowała wschodnie rejony kraju.
25 maja 1541 roku, prawdopodobnie na skutek wstawiennictwa Roksolany, sułtan Sulejman Wspaniały przekazał Siedmiogród Janowi Zygmuntowi – swemu „przybranemu synowi”. W jego imieniu do 1551 roku władzę w Siedmiogrodzie sprawował brat Jerzy Martinuzzi (węg. Martinuzzi Fráter György) – biskup Wielkiego Waradynu (obecnie Oradea), a następnie przeszła ona w ręce Izabeli, która sprawowała władzę aż do swojej śmierci w 1559 roku. Jan II Zygmunt był wykształconym człowiekiem, mówił ośmioma językami, był miłośnikiem książek, finansował pobyt Bálinta Bakfarka w Siedmiogrodzie.