Budowa i środowisko thumb|left|300px|Macrauchenia patagonica Najbardziej nietypową cechą tego zwierzęcia było położenie nozdrzy – otwierały się one, inaczej niż u większości ssaków, na szczycie głowy. Powstała więc teoria głosząca, że makrauchenia dzięki nim oddychała, będąc resztą ciała zanurzona w wodzie, a wystawiając z niej jedynie czubek głowy. Późniejsze badania odrzuciły tę teorię.
Pewne badania fizjologii zwierzęcia wskazują też, że posiadała ona niezwykle dużą sprawność ruchową, mogła np. bez problemu zmieniać kierunek w trakcie biegu (dzisiejsze gazele, aby tego dokonać, muszą zmienić rytm biegu), dlatego też przypuszcza się, że makrauchenia zamieszkiwała środowisko przypominające dzisiejsze afrykańskie sawanny. Prawdopodobnie była także śniado umaszczona, co zapewniało lepszy kamuflaż wśród wysuszonych traw.
Ssak ten miał 44 zęby. Makrauchenia była roślinożerna – jej pożywieniem były zapewne głównie liście i trawy. Naukowcy podejrzewają, że zrywała je ona swą trąbą.