Pamiątką po Willigisie są przede wszystkim brązowe drzwi znajdujące się obecnie w romańskim portalu północnego wejścia do katedry.
Katedra Henryka IV thumb|Katedra w Moguncji, widok od strony wschodniej W roku 1081 katedra została ponownie zniszczona przez pożar. Henryk IV z dynastii salickiej polecił odbudowę świątyni ze zniszczeń. Około 1100 r. odbudowano świątynię w stylu romańskim o cechach charakterystycznych dla dzieł powstałych w Lombardii – wówczas podporządkowanej Rzeszy. Przede wszystkim rozbudowano chór wschodni, nadając mu kształt zbliżony do dzisiejszego. Otrzymał trójnawową kryptę przez co chór został znacznie podwyższony i zamknięto go półokrągłą absydą. Wzniesiono również transept oraz wieże. Na miejscu kwadratowej wieży na skrzyżowaniu naw wzniesiono ośmioboczną, zaś do ścian frontowych nawy poprzecznej wzniesiono mniejsze wieże na planie okrągłym. Cesarz nie doczekał się ostatecznego zakończenia realizacji, które zlecił architektom (zmarł w 1106). Artystycznym wzorem dla tej rozbudowy była wzniesiona wcześniej od czasów panowania Konrada II katedra w Spirze.