Po ustanowieniu władzy sowieckiej pod koniec drugiej wojny światowej kościół już nie funkcjonował, jego wnętrze zostało całkowicie zniszczone i zdewastowane. W świątyni zaczęto przechowywać tony soli, której nigdy nie zużyto. Po latach sól skamieniała i zamieniła się w zwartą skałę wypełniającą prawie połowę przestrzeni całego kościoła. Pod koniec lat 80. była to już prawdziwa ruina pozbawiona dachu i okien.
Odrodzenie kościoła nastąpiło na początku lat 90. W 1990 r. pierwszą mszę świętą na schodach zrujnowanego kościoła odprawił ojciec Jan Mucharski – kapucyn, który przybył z Chicago, by przywrócić do życia parafię katolicką w Lubieszowie. W 1992 r. kościół został zwrócony odrodzonej parafii katolickiej. Stopniowo zaczęła się jego odbudowa. Z przedwojennego wyposażenia świątyni zachowało się kilka obrazów oraz krucyfiks ołtarzowy – przechowywali je w swoich domach dawni parafianie. Pierwszym proboszczem odrodzonego kościoła został ksiądz Adam Gałek, а 4 czerwca 1995 r. odbyła się uroczystość ponownego poświęcenia maniewickiego kościoła pod wezwaniem Ducha Świętego, którego dokonał lwowski biskup pomocniczy Marcjan Trofimiak. W latach 1995–2001 na czele parafii stał ksiądz Kazimierz Zając, а od 2001 r. proboszczem był ksiądz Andrzej Kwiczala, który zmarł 26.06.2022 r. Po śmierci ks. Andrzeja do sierpnia 2022 r.