Na sejmie grodzieńskim w 1793 został mianowany przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego członkiem deputacji do traktowania z posłem rosyjskim Jakobem SieversemVolumina Legum, t. X, Poznań 1952, s. 11.. 22 lipca 1793 podpisał traktat cesji przez Rzeczpospolitą ziem zagarniętych przez Rosję, a 25 września cesji ziem zagarniętych przez Prusy w II rozbiorze PolskiVolumina Legum, t. X, Poznań 1952, s. 23, 37.. Był członkiem Komisji Edukacyjnej Wielkiego Księstwa Litewskiego z nominacji konfederacji targowickiej w 1793Gazeta Warszawska, 1793, nr 26, [b.n.s.].
Podczas insurekcji kościuszkowskiej, 17 kwietnia został aresztowany, a 5 dni później cały jego majątek został skonfiskowany na rzecz powstania postanowieniem Rady Zastępczej Tymczasowej. 9 maja został razem z hetmanem wielkim koronnym Piotrem Ożarowskim, marszałkiem Rady Nieustającej Józefem Ankwiczem i hetmanem polnym litewskim Józefem Zabiełłą przekazany przez Radę Zastępczą Tymczasową pod jurysdykcję Sądu Kryminalnego dla Warszawy i Księstwa Mazowieckiego, który po kilku godzinach wydał wyrok śmierci przez powieszenie z natychmiastowym wykonaniem. Trzej pierwsi zostali powieszeni przed ratuszem na Rynku Starego Miasta. Kossakowski został powieszony na szubienicy przed kościołem św. Anny. Pod szubienicę przyniesiono go na krześle.