Do licznych mieszkańców Puszczy Piskiej należą ważne gatunki łowne: jeleń szlachetny, sarna europejska, dzik euroazjatycki. Przedstawicielem dużych ssaków jest łoś euroazjatycki. Występują też ssaki drapieżne: lis rudy, jenot azjatycki, borsuk europejski, kuna leśna, tchórz zwyczajny, wydra europejska, wizon amerykański, ryś euroazjatycki. Lasy LKP zamieszkuje kilka rodzin wilków, a rozpowszechnionym gatunkiem stał się bóbr.
Obfitość wód sprzyja występowaniu ptaków wodno-błotnych. Gniazdują tu m.in. perkozy dwuczube, liczne gatunki kaczek (krzyżówka, krakwa, cyranka, cyraneczka, czernica głowienka, gągoł, tracz nurogęś), kuraki (kuropatwa, przepiórka, jarząbek). Spotkać można łabędzie nieme, czaple siwe, kormorany, żurawie, bociany białe i czarne.
Ptaki drapieżne: bielik zwyczajny, orlik krzykliwy, kania ruda i czarna, rybołów. Gatunkiem ginącym jest cietrzew. Rozległe łąki są miejscem gniazdowania ostatnich na mazurach par kulików wielkich i rycyków. Lasy LKP są największą w regionie ostoją puchacza i włochatki, dzięciołów (dużego, średniego, zielonego i czarnego).