W latach 1855–1869 zarządzał hacjendą, która stała się nowoczesnym gospodarstwem rolno-hodowlanym. Do czynnej służby wojskowej wrócił w 1859 r., kiedy to rząd powierzył mu tłumienie rewolucji w Concepción. Następnie tłumił rewolty Indian dowodzonych przez Quilapána i innych kacyków. Później powierzono mu dowództwo pułku Cazadores a Caballo, którym dowodził kiedyś jego ojciec. W 1870 r. został awansowany na stopień pułkownika, a w pięć lat później został dowódcą Gwardii Narodowej i komendantem stołecznego garnizonu. mały|lewo|150px|Grobowiec Manuela Baquedano na Cmentarzu Generalnym w Santiago W 1876 r. otrzymał nominację na generała brygady. Po wybuchu wojny o Pacyfik został dowódcą kawalerii. Wkrótce potem – po rezygnacji generała Erasmo Escali – został naczelnym wodzem armii chilijskiej. Udało mu się pokonać siły peruwiańskie i boliwijskie oraz zająć stolicę Peru – Limę. Sam Baquedano – który towarzyszył wojskom na froncie – wrócił do Chile kiedy rząd Anibala Pinto podjął decyzję o wycofaniu większości wojsk z Peru motywowaną brakiem funduszy na ich utrzymanie. Wydarzenie to upamiętnia pieśń Los viejos estandartes pełniąca obecnie funkcję hymnu armii chilijskiej. Uroczyste powitanie miało miejsce w Valparaíso a potem w Santiago – na cześć bohatera wzniesiono łuki triumfalne.