Ogólnie z punktu widzenia wartości przyrodniczej roślinność określana jest jako dość jednorodna, a głównym czynnikiem ją różnicującym nie są warunki siedliskowe, a sposób użytkowania. Oprócz terenów regularnie koszonych i wydeptywanych, o niskiej wartości przyrodniczej, niewielki obszar stanowią obszary pielęgnowane sporadycznie, zwłaszcza w części centralnej parku, nawiązujące do lasów łęgowych. W parku stwierdzane są gatunki roślin, które w pewnych okresach były w Polsce objęte ochroną gatunkową: sasanka otwarta, bluszcz pospolity i orlik pospolity. Prawdopodobnie są to stanowiska antropogeniczne, mające swoje źródło w ogródkach działkowych, gdzie gatunki te mogą być uprawiane jako rośliny ozdobne. Specyficznym i szczególnie bogatym pod względem przyrodniczym miejscem jest teren między ulicami Wawelską, Czubatki, Fińską i al. Niepodległości, określany nieformalnie jako „Dziki Zakątek”. Region ten jest bogaty m.in. w drzewa owocowe, jako pozostałości osiedla domków fińskich, które w XXI w. miały liczne dziuple.
Przyrodzie Pola Mokotowskiego poświęcono w 2020 monograficzny numer „Prac i Studiów Geograficznych”.