Następny sezon 2006/2007 New Zealand Knights ponownie okazał się fatalny, klub drugi raz z rzędu zajął ostatnie miejsce po zakończeniu sezonu zasadniczego.
W październiku 2006 roku pojawiły się pierwsze informacje, że zespół New Zealand Knights może nie uzyskać licencji na występowanie w rozgrywkach A-League w sezonie 2007/2008. Ostatecznie decyzja o nieprzyznaniu licencji klubowi New Zealand Knights została podana przez FFA w dniu 14 grudnia 2006 roku. FFA podjęła taką decyzję w oparciu o słabe wyniku osiągane przez klub, niską frekwencję (średnia widzów w sezonie 2005/2006 wyniosła 3 909 widzów, a w sezonie 2006/2007 – 3 011 widzów), złą sytuacje finansową klubu (zadłużenie w tamtym okresie wynosiło około 800 000 AUD) oraz posiadanie małej liczby krajowych zawodników w składzie. Klub rozegrał ostatnie spotkanie 21 stycznia 2007 roku przeciwko Perth Glory FC, które zakończyło się zwycięstwem New Zealand Knights 2:0.
19 marca 2007 roku licencja na grę w A-League w sezonie 2007/2008 została przyznana nowozelandzkiej drużynie Wellington Phoenix FC.
New Zealand Knights w poszczególnych sezonach