Pogoń była jedyną drużyną, której udało się pokonać lidera rozgrywek – Stal Stalowa Wola. Według stanu na 1989, sekcja koszykówki Pogoni Prudnik łącznie ze szkołami i MKS-em liczyła 121 członków. Zawodnicy występowali w pięciu zespołach: dwie drużyny seniorów (II liga i klasa strefowa) oraz trzy drużyny młodzieżowe.
Po kilkudniowych treningach przed rozpoczęciem sezonu 1989/1990, koszykarze wzięli udział w obozach w Brennej i Cetniewie. Do drużyny dołączyło dwóch obcokrajowców z ZSRR: Jurij Gonczarow i Władimir Teslenko. Organizację meczów koszykarskiej sekcji Pogoni Prudnik przeniesiono do otwartej w kwietniu 1989 hali widowiskowo-sportowej „Obuwnik” przy ul. Łuczniczej 1. Klub zakończył sezon na trzecim miejscu w tabeli II ligi.
Lata 90. Sezon 1990/1991 Pogoń zakończyła na siódmym miejscu w tabeli II ligi, notując 11 zwycięstw i 11 porażek. Nowym trenerem klubu został Rosjanin – Aleksiej Agapiejew. Jurin Gonczarow, pochodzący z ZSRR zawodnik Pogoni, był pierwszym obcokrajowcem potwierdzonym przez Polski Związek Koszykówki do gry w II lidze. Na sezon 1991/1992 pozyskany został kolejny zawodnik zza granicy: Oleg Koczetow. Klub ponownie zakończył sezon na siódmym miejscu w tabeli, z bilansem 11 zwycięstw i 11 porażek, ze stratą 3 punktów do podium. Udało mu się pokonać Spartakusa Jelenia Góra i Baildon Katowice, kolejno mistrza i wicemistrza ligi. mały|Aleksiej Agapiejew, trener Pogoni w latach 1991–1994