W sezonie 1964/1965 Pogoń ponownie została mistrzem ligi okręgowej i wzięła udział w barażach o I ligę. Pierwszy mecz, z Tęczą Kielce, prudniczanie wygrali 74:68. W meczu rewanżowym Pogoń uległa na własnym parkiecie 68:70. Po zwycięstwie w dwumeczu, Pogoń wzięła udział w turnieju finałowym o wejście do I ligi, rozegranym w dniach 9–11 kwietnia 1965 we Wrocławiu. Uczestniczyły w nim cztery drużyny: Pogoń Prudnik, Olimpia Poznań, Ślęza Wrocław i Zawisza Bydgoszcz. Przegrywając wszystkie mecze, Pogoń zajęła ostatnie miejsce w tabeli i ponownie nie uzyskała awansu do I ligi.
Przed rozpoczęciem rozgrywek ligowych, w 1965 Pogoń Prudnik wygrała rozgrywki o Puchar Wojewódzkiej Komisji Związków Zawodowych, pokonując Metal Kluczbork i Stal Racibórz. W lidze okręgowej, w sezonie 1965/1966, klub ponownie został mistrzem Opolszczyzny i reprezentował ją w rozgrywkach o wejście do I ligi. Mecz eliminacyjny o awans do I ligi, rozegrany 27 marca 1966 w Prudniku, Pogoń przegrała 68:70 z Baildonem Katowice.