Podtiołkow bez powodzenia oprotestowywał decyzje komisarza, w krótkim czasie stosunki między Siwersem i Wojciechowskim a Podtiołkowem stały się na tyle złe, że obie strony groziły sobie nawzajem aresztowaniem.

Na terenie Dońskiej Republiki Radzieckiej władze uderzyły również w Rosyjską Cerkiew Prawosławną. Według utworzonej w 1919 r. przez białych, już po upadku republiki, komisji śledczej, piętnastu kapłanów zostało zamordowanych przez czerwonych. Prawosławny biskup nowoczerkaski był więziony przez dziesięć dni na przełomie lutego i marca 1918 r. Odnotowano przypadki, gdy ludność stawała w obronie represjonowanych duchownych.

Opór przeciwko władzy bolszewików pojawił się najwcześniej w kozackich stanicach. Organizowali go kozaccy przywódcy, których dawne przywileje zostały skasowane przez rewolucyjne władze i ci, którzy nie mogli pogodzić się faktem, iż władza w obwodzie Wojska Dońskiego została odebrana samym Kozakom przez przybyłych z zewnątrz. Jako pierwsze przeciwko bolszewikom aktywnie wystąpiły najzamożniejsze stanice w rejonie Nowoczerkasska, najbardziej dotknięte przymusowymi rekwizycjami żywności i samowolą żołnierzy powracających z frontu.