Od 1571 roku było miejscem targów końskich i krowich. Rozwinęło się też sukiennictwo. Rozwój miasta trwał nieprzerwanie do wieku XVII kiedy to wskutek silnych sztormów i zapiaszczenia portu w Regoujściu żegluga na Redze stała się niemożliwa. Nie pomogło też przekopanie nowego kanału i portu w okolicach dzisiejszego Mrzeżyna. W tym też czasie zakończyły się spory Trzebiatowa z Gryficami. Ostatnie towary do Trzebiatowa wpłynęły w 1826 roku.
thumb|Kaplica Świętego Ducha, (XIII w.), obecnie prawosławna
W XVI wieku Trzebiatów odegrał poważną rolę w rozwoju reformacji, jako główny ośrodek działalności Jana Bugenhagena. W grudniu 1534 roku w kaplicy św. Ducha odbył się sejm stanowy, znany szerzej pod nazwą sejm trzebiatowski. Podczas jego obrad książęta pomorscy zadecydowali o wprowadzeniu reformacji i przyjęciu luteranizmu jako religii panującej na Pomorzu. Tym samym odrzucono zwierzchnictwo Rzymu. Po sekularyzacji dóbr kościelnych, majątki trzebiatowskich klasztorów przeszły na własność Gryfitów. Były one wdowią oprawą książęcych żon do 1658 roku. W XVII wieku należały do książąt-elektorów brandenburskich.