Produkcja Projekt Animatrix miał swój początek w Japonii, gdzie reżyserki i scenarzystki trylogii – siostry Wachowskie – promowały pierwszy z filmów serii. W czasie spotkań z niektórymi twórcami anime, którzy mieli duży wpływ na pracę Wachowskich, siostry zdecydowały się rozpocząć z nimi współpracę. Animatrix został wymyślony i nadzorowany przez Wachowskie, lecz tylko do czterech spośród dziewięciu filmów napisały one scenariusz. Żadnej z części nie wyreżyserowały. Większość z nich wyreżyserowana została przez uznanych twórców japońskiej animacji wybranych osobiście przez Wachowskie.
Wersję anglojęzyczną wyreżyserował Jack Fletcher. W wersji tej głosów użyczyli aktorzy znani z dubbingu w produkcji Final Fantasy X – Matt McKenzie, James Arnold Taylor, John DiMaggio, Tara Strong i Hedy Burress oraz inni aktorzy – Victor Williams, Melinda Clarke, Olivia d’Abo i Kevin Michael Richardson (również głos Deus Ex Machina w Matriksie: Rewolucjach). Swój wkład w serię Animatrix mieli także Keanu Reeves (Neo) i Carrie-Anne Moss (Trinity), którzy udzielili głosu swoim postaciom.