Mimo młodego wieku obojga Teodora i Antonina zmusiły ich do wspólnego zamieszkania, jednak plan się nie powiódł: po śmierci Teodory Antonina zabrała Janinę z powrotem i zerwała związek. Jednocześnie starała się pomniejszyć szanse innych potencjalnych kandydatów do tronu, m.in. Belizariusza czy kuzyna Justyniana - Germanosa (m.in. starała się nie dopuścić do małżeństw jego dzieci). Na tronie zasiadła po śmierci Justyniana inna krewna Teodory, jej siostrzenica (córka Komito i Sittasa) Zofia, która poślubiła za sprawą Teodory siostrzeńca Justyniana, Justyna.
Teodora zmarła 28 czerwca 548 r. Opis Prokopiusza z Cezarei wskazuje, że przyczyną śmierci mógł być rak. Pochowana została w kościele Świętych Apostołów w stolicy. Jej grób splądrowali krzyżowcy po zdobyciu Konstantynopola w 1204 roku.
Teodora w kulturze Postać Teodory pozostała w pamięci potomnych. Podróżnym pokazywano dom, w którym miała odbywać schadzki z Justynianem. W Syrii pamiętano o niej jako o opiekunce monofizytów (w tamtejszej legendzie zapomniano o jej pochodzeniu i uczyniono z niej córkę senatora).