Na północy kraju powstała Lega Nazionale Alta Italia, która miała zarządzać Campionato Alta Italia, które były kontynuacją przedwojennej Serie A, ponieważ wszystkie kluby z Północnych Włoch, które byłyby uprawnione do startu w najwyższej lidze w ostatnim sezonie 1942/43 zostały dopuszczone do sezonu 1945/46.
Na południu sytuacja była jeszcze bardziej złożona, ponieważ nie było tam wystarczająco dużo klubów - tylko cztery plus Bari formalnie zdegradowane - uprawnione do startu w najwyższej klasie. Rozwiązanie zostało znalezione dzięki powołaniu Lega Nazionale Centro-Sud, która zarządzała Campionato Misto di Serie A e B del Centro-Sud pomiędzy drużynami Serie A i Serie B.
Po zakończeniu rozgrywek w Campionato Alta Italia i Campionato Misto di Serie A e B del Centro-Sud tylko cztery pierwsze sklasyfikowane w każdym mistrzostwach zakwalifikowałyby się do krajowej rundy finałowej, która wyłoniłaby zwycięzcę scudetto, z formułą nieco przypominającą mistrzostwa sprzed 1926 r. Pod względem tego złożonego mechanizmu mistrzostwa sezonu 1945/46 nie są podobne do tych z Serie A i nie pojawiają się w odpowiednich statystykach.