31 marca 2016 Senat Uniwersytetu Gdańskiego nadał Stacji Morskiej imię Profesora Krzysztofa Skóry. Po śmierci profesora funkcję kierownika Stacji Morskiej przejęła dr Iwona Pawliczka vel Pawlik.
Wyróżnienia Był członkiem Komitetu Badań Morza, Państwowej Rady Ochrony Przyrody oraz Polskiej Akademia Nauk: Wydział VII – Nauk o Ziemi i Nauk Górniczych.
Był autorem ponad 100 publikacji naukowych.
Był laureatem Szwedzkiej Nagrody Bałtyku (Swedish Baltic Sea Water Award) 2008, przyznawanej za istotny wkład w ochronę wód Bałtyku, a ustanowionej przez rząd szwedzki w 1999. Nagroda została przyznana podczas Światowego Tygodnia Wody. Krzysztof Skóra był pierwszym, który otrzymał ją jako osoba prywatna. Do 2008 laureatami tej nagrody zostawały instytucje.
Odznaczony został również przez European Cetacean Society Conservation Award za działalność na rzecz ochrony ssaków morskich, Baltic Sea Found Prize w 2005, Medalem Komisji Edukacji Narodowej czy odznaką honorową Ministra Środowiska za zasługi dla Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.
28 stycznia 2009 otrzymał Medal im.