W grudniu 1998 ze względu na skandal finansowy zmuszony został jednak do rezygnacji z urzędu szefa rządu.
thumb|left|200px|Cachiagijn Elbegdordż i Marszałek Senatu Bogdan Borusewicz (2013) W sierpniu 2004, wyniesiony do władzy dzięki kontrowersyjnym wyborom, ponownie został premierem Mongolii. W połowie stycznia 2006 gabinet Elbegdordża upadł, a na stanowisku premiera zastąpił go Mijeegombyn Enchbold.
W 2008 w czasie kolejnych wyborów parlamentarnych stał na czele opozycyjnej Partii Demokratycznej. Zaraz po zakończeniu głosowania zadeklarował zwycięstwo swojej partii. Po publikacji oficjalnych wyników wyborów, które dawały zwycięstwo Mongolskiej Partii Ludowo-Rewolucyjnej, zarzucił władzy fałszerstwa wyborcze. Rozwścieczeni manifestanci udali się do pobliskiej siedziby partii rządzącej, zdewastowali i podpalili budynek Komitetu Centralnego MPLR i sąsiadującą Filharmonię. Przez miasto przetoczyła się fala grabieży banków i sklepów. Obrabowano i podpalono Galerię Narodową, narodowy zespół tańca, Orkiestrę Narodową i siedziby licznych instytucji prywatnych, spalono wiele samochodów prywatnych. Wprowadzono czterodniowy stan nadzwyczajny, do miasta wkroczyło wojsko.