W 1885 Furtwängler ożenił się z Adelheid Wendt. W tym samym roku opublikował katalog ceramiki greckiej Antikensammlung Berlin Beschreibung der Vasensammlung im Antiquarium (w dwóch tomach). Do jego sławy przyczyniła się publikacja Meisterwerke der griechischen Plastik w 1893, dotycząca antycznej rzeźby greckiej. Furtwängler zidentyfikował wielu autorów dzieł greckich, których kopie powstawały w okresie rzymskim. W 1891 zaproponował własną rekonstrukcję rzeźby Fidiasza Atena Lemnia z 450 p.n.e. Rekonstrukcję tę można do dzisiaj oglądać w muzeum Albertinum w Dreźnie.
W 1894 opuścił Berlin, by przejąć wykłady po swoim byłym profesorze Heinrichu von Brunn. Zaczął więc wykładać archeologię w Monachium. Pełnił również obowiązki dyrektora monachijskiej Gliptoteki. W 1900 ukazały się Die Antiken Gemmen o greckich ozdobach. W 1904 rozpoczął wraz z Karlem W. Reichholdem wydawać serię dotyczącą ceramiki greckiej Griechische Vasenmalerei. Wydawano ją w zeszytach. Po śmierci Furtwänglera pracę edytorską kontynuował Friedrich Hauser. Trzecim tom dzieła ukazał się w 1932.
Furtwängler powrócił również do archeologicznych prac badawczych. Pracował w świątyni Afai na Eginie. Wyniki prac zostały opublikowane w monografii w 1906. Rok później archeolog nabawił się dyzenterii. Umarł w kwiecie wieku.