2 sierpnia 2009 r. doszło do awarii w układzie kontrolnym lokalnego oscylatora instrumentu HIFI, co spowodowało wyłączenie instrumentu. Instrument posiadał system zapasowy, jednak inżynierowie zdecydowali nie uruchamiać go dopóki nie zrozumieją przyczyny awarii. Dochodzenie wykazało, że z nieznanego powodu, prawdopodobnie uderzenia przez cząstkę promieniowania kosmicznego w jeden z procesorów, doszło do skoku napięcia, który zniszczył diodę urządzenia. Po wprowadzeniu zmian, które zabezpieczały przed powtórzeniem się tego rodzaju awarii, w dniach 10 – 14 stycznia 2010 r. instrument HIFI został ponownie uruchomiony.
Faza prowadzenia rutynowych obserwacji naukowych zaplanowana była na trzy lata, z możliwością przedłużenia o rok. Czynnikiem ograniczającym długość jej trwania był ograniczony zapas nadciekłego helu w kriostacie. Po jego zużyciu instrumenty naukowe uległy ociepleniu, co uniemożliwiło wykonywanie dalszych obserwacji.
29 kwietnia 2013 roku centrum kontroli lotu poinformowało, że zapas helu wyczerpał się ostatecznie i obserwatorium nie przeprowadzi już więcej obserwacji.