Po powrocie do kraju objął stanowisko szefa Oddziału Szkolenia Bojowego w Sztabie Głównym Marynarki Wojennej (do września 1957), a następnie szefa Oddziału I Operacyjno-Szkoleniowego. W grudniu 1957 został zastępcą szefa Sztabu Marynarki Wojennej, a od listopada 1959 zajmował stanowisko szefa Sztabu – zastępcy dowódcy Marynarki Wojennej. 13 lipca 1960 uchwałą Rady Państwa PRL mianowany na stopień kontradmirała; nominację wręczył mu 20 lipca 1960 w Belwederze Przewodniczący Rady Państwa Aleksander Zawadzki. W 1966 uzyskał tytuł inżyniera nawigatora w Wyższej Szkole Marynarki Wojennej (dawnej OSMW) w Gdyni. Od listopada 1969 do lutego 1986 dowodził Marynarką Wojenną, obejmując to dowództwo po wiceadmirale Zdzisławie Studzińskim. 6 października 1970 uchwałą Rady Państwa PRL mianowany na stopień wiceadmirała. Akt nominacyjny otrzymał 10 października 1970 w Belwederze z rąk przewodniczącego Rady Państwa PRL marszałka Polski Mariana Spychalskiego. W 1975 odbył kurs przeszkolenia operacyjnego w Akademii Marynarki Wojennej w Leningradzie. Z kolei 5 października 1978 uchwałą Rady Państwa PRL mianowany na stopień admirała. Ludwik Janczyszyn to pierwszy żołnierz w historii Polski awansowany na stopień admirała. Akt nominacyjny otrzymał 11 października 1978 w Belwederze z rąk przewodniczącego Rady Państwa PRL prof.